Die Zuständigkeit des Gerichts erstreckt sich sowohl auf „klassische“ europäische Patente als auch auf europäische Patente mit einheitlicher Wirkung (Einheitspatente), wobei sowohl Verletzungs- als auch Nichtigkeitsklagen berücksichtigt werden. Die ausschließliche Zuständigkeit des Gerichts für „klassische“ europäische Patente unterliegt jedoch während eines Übergangszeitraums von sieben Jahren Ausnahmen. Während dieses Zeitraums können Klagen, die europäische Patente betreffen, weiterhin vor den nationalen Gerichten erhoben werden. Außerdem können „klassische“ europäische Patente entweder als Anmeldung oder als erteiltes Patent vollständig von der Zuständigkeit des EPG ausgeschlossen werden. Das Opt-out kann jederzeit widerrufen werden, es sei denn, es wurde ein Verfahren vor einem nationalen Gericht eingeleitet. In diesem Fall ist das Opt-out erst nach Abschluss dieses Verfahrens gültig.
Nach Artikel 32 EPGÜ fallen in die Zuständigkeit des EPG unter anderem Klagen wegen tatsächlicher oder drohender Verletzung von Patenten und ergänzenden Schutzzertifikaten und damit zusammenhängende Einreden, einschließlich Widerklagen in Bezug auf Lizenzen; Klagen auf Feststellung der Nichtverletzung; Klagen auf einstweilige Maßnahmen und Unterlassungsklagen; Klagen auf Nichtigerklärung und Widerruf; Widerklagen; Klagen auf Schadenersatz usw.
Das EPG ist befugt, über die Gültigkeit der Einheitspatente zu entscheiden und festzustellen, ob eine Nichtigkeitsklage Dritter zulässig ist. Die Partei, die den Verfall des Rechts geltend macht, kann vor dem EPG eine Nichtigkeitsklage erheben, auch während das Verfahren vor dem EPA noch anhängig ist. In diesem Fall kann das EPG entweder das Verfahren aussetzen oder von sich aus oder auf Antrag einer Partei eine Beschleunigung des Verfahrens beantragen (Artikel 33(10) EPGÜ und Regel 298 der Verfahrensordnung des EPG).